有关新冠病毒起源的地方，始终存有争议，最新开展的研究，借助对全球基因序列予以分析之后，继而提出了跟传统认知不一样的观点。
变异最少的毒株并非来自武汉
科研人员对2019年12月至2020年7月期间收集的4571个新冠病毒基因组序列作了分析，他们将该序列划分成2449个病毒子集来进行对比，结果发现武汉首次测定的NC_045512毒株并非变异最少的毒株，数据表明，存在41个毒株比武汉参考株的全局点突变数量还要少。
在四大洲的八个国家存在着这些变异数量最少的毒株，依据系统发育的简约原则，突变数量最少的毒株应当是最接近所有毒株的共同祖先的，这表明武汉所发现的毒株不太可能是全球传播的源头。
最小突变毒株的全球分布特征
对每个毒株集的序列数量展开了研究统计，其中最大的那个毒株集涵盖有318条序列，而最小的毒株集仅仅包含1条序列。这里需要特别留意的是，同一毒株集里相同的序列常常是从不同日期、不同地区收集而来的。这一现象揭示出了新冠病毒具备的低突变特性。
长时间、远距离传播后，病毒因低突变性而仍能保持基因组相对稳定，这解释了最小突变毒株为何能广泛分布于多个大洲，平均每个毒株仅积累6.35个点突变，这进一步证实了其遗传稳定性。
阳性选择位点揭示早期进化
研究人员于病毒的五个基因里头，辨别出了8个阳性选择位点。阳性选择乃是意味着辅助病毒去适应新宿主的那些突变。当中4个位点现身于数量相对少突变的42个早期毒株内，记载下了病毒予以人类宿主适应的关键转变。
分析呈现出的情况是，Orf1ab1基因里的阳性选择事件，主要是出现在那些关联到美国的毒株当中，而Orf3a基因里的阳性选择事件，同样是主要出现在与美国相关的毒株那里，然而，Orf1ab2基因当中的相关事件，却是更多地出现在多见于欧洲的毒株身上。这样的一些具备地理分布特点的模式，实际上是为追踪早期传播的路径提供了相应的线索。
毒株多样性指向印度次大陆
通常情况下，病毒起源的地方有着较高的毒株多样性。在这项研究里，针对各个国家序列所占的比例以及毒株集所占的比例展开统计，结果发现，美国序列所占比例高，然而毒株集所占比例低，这显示出其多样性不够充足。印度与孟加拉国呈现出的是相反的特征。
在印度次大陆，毒株分集率明显高于其序列占比，这可是高多样性的清晰标志。与此同时，多个最小突变毒株在这个区域被找到。把这两项证据综合在一起，研究觉得该地区有可能是人传人传播的起始之处。
基于突变率的时间推算
编码区的新冠病毒，每年会累积差不多11.41个点突变，研究人员依据这个突变率进行反向推算，从而把最早的病毒传播时间确定在了2019年7月至8月，此时间比武汉首次报告病例的时间早了大约四个月。
通过时间的推算，再结合地理方面的分析，进而形成了一整个完整的时空推断框架。此结论对疫情时间线的传统认知发起了挑战，还提示出病毒极有可能在更早的时间以及不同的地点就已然开始了人际之间的传播。
研究意义与未解疑问
这项研究，为理解新冠病毒早期那难以察觉的、悄然的传播，提供了全新的视角，它表明，首次检测到病毒的地点，不一定便是传播的起点，强调了全球协作去追溯源头的必要性，它的研究，也展示了基因组大数据在疫情溯源当中的价值。
不过，实际发生的那种切实的病毒跨物种溢出状况或许在更早的时候就已经出现，可人与人之间传递的起始点还需要更多的证据去加以确定。早期病例监察数据的缺少依旧是还原出全部传播链条的主要阻碍。
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