在新冠疫情刚开始的时期，“不明原因肺炎”的阴霾很快就笼罩了整个世界，哪怕是顶尖的病毒学家，也没办法马上把全貌看清楚。这突出显示了人类在面对全新病原体的时候，所存在的认知局限以及应对方面的挑战。
疫情初期的认知困境
2020年年初的时候，武汉出现了一种新型肺炎病例，当时其病因是未知的，涉及全球的公共卫生机构以及科研人员，他们面临着巨大压力，需要迅速识别病原体，还要判断传播途径，这种不确定性直接致使早期防控措施出现迟疑，并且信息也变得混乱，进而对社会经济秩序造成了冲击。
感到困惑的还有资深科学家，美国微生物学家苏珊·韦斯研究冠状病毒长达四十年，她曾感慨，该领域的研究者在疫情前规模是有限的，这反映出，科学界对于冠状病毒家族所储备的知识，在面对具体的新发病毒之际，依旧存在巨大缺口。
病毒溯源的科学挑战
极其复杂的新冠病毒源头问题，中国科学院微生物研究所的研究员施一指出，病毒溯源要结合流行病学、基因组学等多方面证据，许多流行病学线索会随时间湮灭，早期病例的生物学样本若没被及时保存，关键信息就会永久丢失。
虽说华南海鲜市场在早期出现了明显的人际传播情况，然而中国科学院武汉病毒研究所的研究员石正丽等好些科学家觉得，市场或许并不是病毒从动物传播至人的起始地点。去探寻真正的跨物种传播源头，也就是“溢出事件”的发生之处，这是溯源工作里核心的难点当中的一个。
中间宿主的寻找之难
关于病毒从自然宿主比如说像蝙蝠，传播到人的整个链条里，中间宿主属于那关键的环节。美国爱荷华大学的斯坦利·珀尔曼教授作出解释，病毒之所以能获得感染人的能力，是因为在中间宿主体内有可能发生重要的突变。如果没能明确中间宿主以及其所带来的变化，那么面对未来疫情进行预测和防范将会变得特别困难。
可是，到如今这一环节依旧是缺失的状态，科学家于全球范畴之内对多种存在可能性的动物展开了筛查，然而却还没有找寻到具备确凿性的中间宿主证据，这就致使病毒完整的传播路径图仍旧留存着一段空白区域，此情况无疑加大了自源头对类似疫情再次出现进行阻断的难度。
病毒的自然进化证据
支持新冠病毒为自然进化产物的是多项基因分析。国际科研团队进行对比后发现，新冠病毒跟在云南蝙蝠里被发现的冠状病毒RaTG13有着较高相似性。然而，新冠病毒并非该冠状病毒RaTG13的直接祖先。据估算显示，它们大概在几十年之前就已经从共同的蝙蝠病毒祖先谱系当中分化出来了。
长久以来，病毒于动物宿主里持续进化，进而于偶然情形下传播给人类，这乃是大家已知的、新发传染病所广为存在的模式。新冠病毒的基因组当中，存有一些与众不同的结构，像弗林蛋白酶切位点之类的，而这些特性可以借助自然重组以及进化得以产生，并非是人工设计所独有的标志。
对“实验室泄漏”说的科学反驳
疫情刚开始的时候，“实验室泄漏”这种说法一时间非常喧闹，给各位相关的科研人员造成了极大的困扰。针对这种情况，科学界从好多不同的角度进行了反驳。有科学家表示说，如果病毒是来源于实验室里泄漏出来的、大家都知道的那种蝙蝠病毒，那么在自然界当中理当能够找到一连串处于这两者之间的过渡病毒株，然而却并没有被发现。
在2020年2月底的时候，有一支国际科学家团队，他们联合发表了专业分析，并且强烈谴责了“非自然起源”的阴谋论。他们是基于详尽的基因组比对，以及进化分析才得出结论的，结论是新冠病毒的特征与自然进化预期相符，而且没有证据能够支持其来源于实验室。
未来防控的核心与启示
此次疫情昭示，快速取得且剖析病毒基因序列乃是防控环节中那起着关键制约作用的技术。中国疾控中心流行病学方面的首席专家吴尊友曾着重指出，这是用以制定检测方式、开展药物研发以及研制疫苗的根基所在，务必要掌握独立自主的分析能力。
疫情暴露出人类对于病毒世界的认知依旧十分浅薄，病毒于野生动物当中存有极大的多样性，并且持续进行重组演化，科学家予以认可，欲事先精确预测哪一种病毒会引发下一场大流行，是极为艰难的，这需要我们持续强化监测与研究，构建更为强大的全球早期预警以及应对体系。
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